ภาควิชาวิศวกรรมแหล่งนํ้าก่อตั้งขึ้นเพื่อตอบสนองการเจริญเติบโตงานพัฒนาและการจัดการทรัพยากรแหล่งนํ้าอันเป็นปัญหาสำคัญปัญหาหนึ่งในระดับชาติในปัจจุบัน
ภาควิชาวิศวกรรมแหล่งนํ้า เดิมเป็นสาขาหนึ่งของภาควิชาวิศวกรรมโยธา โดยสอนวิชาพื้นฐานทางด้านวิศวกรรมชลศาสตร์ อุทกศาสตร์ และแหล่งนํ้า ในหลักสูตรระดับปริญญาตรี สำหรับนิสิตของภาควิชาวิศวกรรมโยธา วิศวกรรมแหล่งนํ้าแวดล้อมและวิศวกรรมสำรวจ นอกจากนี้สาขาวิศวกรรมแหล่งนํ้าในสังกัดวิศวกรรมโยธาเดิมยังมีการเรียนการสอนและการวิจัยในหลักสูตรปริญญามหาบัณฑิตมาตั้งแต่ พ.ศ. 2514 และในหลักสูตรระดับปริญญาดุษฎีบัณฑิตตั้งแต่ พ.ศ. 2527 จนกระทั่งในปลาย พ.ศ. 2534 ได้รับการ จัดตั้งให้เป็นภาควิชาวิศวกรรมแหล่งนํ้า เพื่อตอบสนองการเจริญเติบโตงานพัฒนา และการจัดการทรัพยากรแหล่งนํ้า อันเป็นปัญหาสำคัญปัญหาหนึ่งในระดับชาติในปัจจุบัน
ภาควิชาวิศวกรรมแหล่งนํ้าเปิดสอนในหลักสูตรปริญญามหาบัณฑิตและดุษฎีบัณฑิตทางด้านวิชาวิศวกรรมแหล่งนํ้า เพื่อสอนและฝึกให้นิสิตมีความสามารถในการพัฒนางานวิจัยและวิชาชีพในสาขาวิชาที่เกี่ยวข้อง คืออุทกวิทยา วิศวกรรมอุทก วิศวกรรม ชลศาสตร์ วิศวกรรมชลประทาน วิศวกรรมแหล่งนํ้าใต้ดิน วิศวกรรมชายฝั่งทะเล และการวางแผนและจัดการแหล่งนํ้า ผู้ที่จะเรียนต่อต้องสำเร็จการศึกษาระดับปริญญาตรีสาขาวิศวกรรมโยธา หรือวิศวกรรม แหล่งนํ้า หรือสาขาวิชาใกล้เคียงอื่น ๆ ที่มีพื้นฐานด้านวิศวกรรมโยธามากเพียงพอ
รายนามหัวหน้าภาควิชาวิศวกรรมแหล่งน้ำ
1. รองศาสตราจารย์ ดร.ชัยพันธุ์ รักวิจัย พ.ศ. 2535-2539
2. รองศาสตราจารย์ชัยยุทธ สุขศรี พ.ศ. 2539-2541
3. รองศาสตราจารย์ ดร.ชัยพันธุ์ รักวิจัย พ.ศ. 2541-2545
4. รองศาสตราจารย์ชัยยุทธ สุขศรี พ.ศ. 2546-2554
5. รองศาสตราจารย์ ดร.สุจริต คูณธนกุลวงศ์ พ.ศ. 2554-2559
6. ผู้ช่วยศาสตราจารย์ ดร.อนุรักษ์ ศรีอริยวัฒน์ พ.ศ. 2560-ปัจจุบัน